Una sonda es un fragmento de ADN (o raramente ARN) de pequeño tamaño (normalmente entre 100 y 1000 bases) usado en biología molecular como herramienta para detectar la presencia de ADN o ARN de secuencia complementaria parecida o igual.
En su uso, la sonda se une a la secuencia diana monocatenaria (ADN1c o ARN) mediante un mecanismo de hibridación que forma una estructura bicatenaria, una de las hebras pertenece a la sonda, y la otra a la secuencia diana. Esta unión se establece porque tanto la sonda como la diana tienen secuencias en parte o totalmente complementarias, formándose pares de bases complementarias.
En definitiva una sonda de ADN es un método molecular que consta de una secuencia de ADN de un microorganismo de interés, que puede ser utilizada para detectar un ADN homólogo o secuencias de ARN. El ADN de la sonda se hibrida con el ADN del organismo que se quiere detectar, unión que como puedes suponer, se establece porque ambas moléculas tienen secuencias complementarias, formándose así pares de bases complementarias. Para conocer si esto ha sucedido se utilizan marcadores fáciles de detectar en un equipo que mida el cambio. Estos marcadores pueden ser de varios tipos. Los más utilizados son los siguientes:
- Radioisótopos: para marcar radiactivamente la sonda se utilizan nucleótidos que contienen alguno de sus átomos un isótopo radiactivo. Estos marcadores son muy sensibles, pero entrañan ciertos riesgos para la salud.
- Anticuerpos: en este caso las sondas se marcan utilizando nucleótidos que llevan unida una molécula llamada digoxigenina. A esta molécula se unen anticuerpos específicos que llevan asociados un compuesto luminiscente que permite conocer el resultado del análisis.
Una de las aplicaciones de las sondas de ADN es el análisis de alimentos, ya que es un método rápido, específico y sensible, que se puede utilizar por ejemplo para detectar la presencia de patógenos y de organismos modificados genéticamente.
Independientemente de la naturaleza de la sonda utilizada (ADN o ARN), las hibridaciones efectuadas sobre ácidos nucleicos inmovilizados en membranas o in situ, serán de tipo Southern cuando se use ADN como diana a detectar y de tipo northern cuando la diana a detectar sea mayoritariamente de ARN.
Southern blot, hibridación Southern o, simplemente, Southern es un método de biología molecular que permite detectar la presencia de una secuencia de ADN en una mezcla compleja de este ácido nucleico. Para ello, emplea la técnica de electroforesis en gel de agarosa con el fin de separar los fragmentos de ADN de acuerdo a su longitud y, después, una transferencia a una membrana en la cual se efectúa la hibridación de la sonda. Su nombre procede del apellido de su inventor, un biólogo inglés llamado Edwin Southern.
Northern blot es una técnica de detección de moléculas de ácido ribonucleico (ARN) de una secuencia dada dentro de una mezcla compleja (por ejemplo, un ARN mensajero para un péptido dado en una extracción de ARN total). Para ello, se toma la mezcla de ARN y se somete a una electroforesis en gel a fin de separar los fragmentos en base a su tamaño. Tras esto, se transfiere el contenido del gel, ya resuelto, a una membrana cargada positivamente en la cual se efectúa la hibridación de una sonda molecular marcada radiactiva o químicamente. El nombre de la técnica deriva de la técnica anterior. El northern blot fue desarrollado en 1977 por James Alwine, David Kemp y George Stark en la Universidad de Stanford.
Fuente: Wikipedia
